Николай се родил в Янина, Епир. Бил обущар – личен, благочестив и трудолюбив. Според житието му, като дошъл в София османците почнали да го съблазняват да приеме исляма, но той бил твърд в православната си вяра и тогава османските големци решили с измама да го накарат да приеме тяхната вяра. Поканили светеца на обяд, сложили в кафето му приспивателно и като заспал го обрязали в мюсюлманския религиозен обред. Николай като разбрал какво са сторили османските големци избягал и една година се крил в къщи. Османците го канили да ходи на джамия, но той твърдо отказал. Тогава бил вързан и подложен на мъчения. Завлекли го при кадията, но той не го намерил за виновен и казал да го пуснат, обаче озлобялата тълпа го повлекла до местността “Ючбунар” (Три кладенци, намиращо се на мястото на кръстовището на улиците “Пиротска” и “Опълченска”)
и го убила с камъни на 17 май 1555 г.
След смъртта му, тленните му останки били изгорени на гробището с име “Търницата”, а пепелта – разпиляна, та да не остане никакъв спомен от него, но средецкия духовник Матей Граматик заръчал на едно момче да събере частици от неговите мощи и християните тайно ги погребали.
Средецкият митрополит Яков свикал събор и прославил новия светец за вярата. Той положил мощите на мъченика (части от черепа и костите му) в ковчега с мощите на покровителя на София – светия крал Милутин в църквата “Свети Архангел Михаил”. По-късно част от светите му мощи били прибрани в дървен храм. Софийският книжовник дякон Матей Граматик, съвременник на Свети Николай Нови Софийски и очевидец на неговите страдания и смърт, написал служба и пространно житие на светеца. Ръкописът се съхранява в Национални църковен историко-археологически институт при Светия Синод (НЦИАИ) в София.
Днес на мястото на убийството на светеца в местността “Три кладенци” (Ючбунар) на улица “Цар Симеон” № 125 в столицата на България има малък параклис, а в градината с паметника на одринското опълчение наблизо е голямата църква посветена нему – “Свети Николай Софийски“, втора по големина (след “Свети Александър Невски”) в България, която е построена по проект на архитект Антон Торньов.
Историята по строежа на храма на Свети Николай Нови Софийски е дългогодишна и изпълнена с много перипетии и проблеми. Въпреки това на заседанието си от 13 ноември 1900 г. църковното настоятелство решава освещаването да стане на 6 декември – деня, в който се чества паметта на Свети Николай Мирликийски Чудотворец, съименник на храмовия патрон. Но постфактум датата е променена и се решава храмът да бъде осветен на 3 декември. На 2 декември вечерта от 17.00 ч. е отслужена тържествена и празнична Велика вечерня от храмовото духовенство. На самия 3 декември 1900 г. утринното богослужение започва в 6 ч. сутринта, а самото освещаване е извършено от Софийския митрополит Партений от 9 ч. В света Божествена Литургия и чина на освещаването на храма вземат участие храмовото духовенство начело с отец Николай Крапчански и много други свещенослужители. Огромният храм не могъл да побере събралото се множество, което е наобиколило новопостроената сграда.
По време на освещаването на храма в сребърна мощехранителница почивали част от мощите на мъченика, а друга част била в храма “Света София”. През 70-те години на 20 век мощехранителницата е открадната, но от храма “Света София” подарили другата част от светите мощи на храма, посветен на мъченика. Днес всяка година в навечерието на празника се прави тържествена Велика вечерня с литийно шествие, начело с мощите на Свети Николай Нови Софийски до гроба на светеца, който е единствения запазен гроб на български мъченик. На 17 май ежегодно пък се отслужва света Божествена Литургия, като мощите на мъченика се излагат за поклонение на вярващия народ.
Свети мъченик Николай Софийски е един от общо деветимата софийски мъченици за православната вяра. Чества се всяка година на 17 май.